Dans le but d’accorder son mode de fonctionnement à son ambition de fédérer les professionnels du diagnostic par delà les clivages, la FIDI a adopté une structure d’accueil des ses adhérents basée sur trois collèges, ce qui permet à toutes les sensibilités de s’exprimer.
A noter, en outre, que les groupements de diagnostiqueurs de nature syndicale et d’origine régionale ou professionnelle peuvent adhérer, en tant que tels, à la FIDI.
Chacun des collèges dispose d’un nombre égal de représentants au conseil d’administration de la FIDI et d’un poste de vice-président. Très impliqués dans le fonctionnement de l’organisation, les membres du conseil d’administration se réunissent 10 fois par an.